| 1．串原温泉 ・岐阜県恵那市串原 |
| 串原温泉（くしはらおんせん）は、岐阜県恵那市串原にある温泉。 |
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| 2．郡上温泉 ・岐阜県郡上市八幡町吉野 |
| 郡上温泉（ぐじょうおんせん）は、岐阜県郡上市八幡町吉野にある温泉。 |
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| 3．下呂温泉 ・岐阜県下呂市 |
| 下呂温泉（げろおんせん）は、岐阜県下呂市（旧飛騨国、岐阜県益田郡下呂町）にある温泉。室町時代には万里集九が有馬温泉や草津温泉とともに「三名泉」とし、江戸時代には林羅山もこれらの三温泉を「天下の三名泉」と記した（日本三名泉）[1][2]（ただし、当時は下呂ではなく湯島と表記）。 |
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| 4．新平湯温泉 ・岐阜県高山市 |
| 新平湯温泉（しんひらゆおんせん）は、岐阜県高山市（旧国飛騨国）奥飛騨温泉郷にある温泉。 |
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| 5．神明温泉 ・岐阜県関市板取 |
| 神明温泉（しんめいおんせん）は、岐阜県関市板取にある温泉。奥美濃の秘湯とも呼ばれる。 |
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| 6．栃尾温泉 ・岐阜県高山市 |
| 栃尾温泉（とちおおんせん）は、岐阜県高山市（旧国飛騨国）奥飛騨温泉郷にある温泉。 |
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| 7．流葉温泉 ・岐阜県飛騨市神岡町伏方150 |
| 流葉温泉（ながれはおんせん）は、岐阜県飛騨市神岡町伏方150にある温泉。飛騨流葉自然休養園の施設『Mプラザ』3階の中に入っている『流葉温泉ニュートリノ』が所在する[1]。開湯は2000年9月23日[2]。 |
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| 8．久瀬温泉 ・岐阜県揖斐郡揖斐川町 |
| 久瀬温泉（ひさせおんせん）は、岐阜県揖斐郡揖斐川町にある温泉。 |
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| 9．宇津江四十八滝温泉 ・岐阜県高山市国府町宇津江 |
| 宇津江四十八滝温泉（うつえしじゅうはちたきおんせん）は、岐阜県高山市国府町宇津江にある温泉。 |
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| 10．飛騨高山温泉 ・岐阜県高山市 |
| 飛騨高山温泉（ひだたかやまおんせん）は、岐阜県高山市（旧国飛騨国）にある温泉。 |
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| 11．飛騨古川桃源郷温泉 ・岐阜県飛騨市古川町黒内 |
| 飛騨古川桃源郷温泉（ひだふるかわとうげんきょうおんせん）は、岐阜県飛騨市古川町黒内にある温泉。 |
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| 12．福地温泉 ・岐阜県高山市 |
| 福地温泉（ふくじおんせん）は、岐阜県高山市（旧国飛騨国）奥飛騨温泉郷にある温泉。標高約1000メートル、山の静寂に包まれた秘湯。 |
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| 13．馬狩・地球の聲温泉 ・岐阜県大野郡白川村馬狩 |
| 馬狩・地球の聲温泉（まがり・ちきゅうのこえおんせん）は、岐阜県大野郡白川村にある温泉。 アクセス的に、世界遺産の白川郷にも近い。 ただし、記事名で呼称されることはあまりなく、トヨタ白川郷自然學校温泉と言われることもある。[1] |
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| 14．三峰温泉 ・岐阜県可児市大森 |
| 三峰温泉（みつみねおんせん）は、岐阜県可児市大森にある温泉である。 |
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| 15．南飛騨馬瀬川温泉 ・岐阜県下呂市馬瀬西村1695[1] |
| 南飛騨馬瀬川温泉（みなみひだませがわおんせん）は、岐阜県下呂市馬瀬西村にある温泉[1]。 |
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| 16．母袋温泉 ・岐阜県郡上市大和町粟巣1728 |
| 母袋温泉（もたいおんせん）は、岐阜県郡上市大和町にある温泉。 |
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