| 1．青井阿蘇神社 ・熊本県人吉市上青井町118 |
| 青井阿蘇神社（あおいあそじんじゃ）は、熊本県人吉市上青井町にある神社。旧社格は県社で、現在は神社本庁の別表神社。地元では親しみを込めて「青井さん」と称されている。 |
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| 2．阿蘇神社 ・熊本県阿蘇市一の宮町宮地3083-1 |
| 阿蘇神社（あそ じんじゃ）は、日本の九州中央部、熊本県阿蘇市にある神社。古くは「阿蘓神社」とも記した（銘板が現存する）。 |
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| 3．粟嶋神社 (宇土市) ・熊本県宇土市新開町557 |
| 粟嶋神社（あわしまじんじゃ）は熊本県宇土市新開町にある神社。 |
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| 4．印鑰神社 (八代市) ・熊本県八代市鏡町鏡村1 |
| 印鑰神社（いんにゃくじんじゃ）は、熊本県八代市鏡町鏡村にある神社である。旧社格は村社。 |
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| 5．浮島神社 (嘉島町) ・熊本県上益城郡嘉島町井寺2827 |
| 浮島神社（うきしまじんじゃ）は熊本県上益城郡嘉島町にある夫婦神を祀った神社。 |
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| 6．内田八幡宮 ・熊本県山鹿市菊鹿町下内田472 |
| 内田八幡宮（うちだはちまんぐう）は、山鹿市菊鹿町下内田字宮ノ本に所在する八幡宮。「肥後国誌」では『正一位八幡宮』と記述されている。旧社格は村社。 |
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| 7．永尾神社 ・熊本県宇城市不知火町永尾615 |
| 永尾神社（えいのおじんじゃ）は、熊本県宇城市不知火町永尾にある神社である。旧社格は村社。不知火海（八代海）を望む海中に建つ鳥居があることでも知られる。 |
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| 8．大宮神社 (山鹿市) ・熊本県山鹿市山鹿196 |
| 大宮神社（おおみやじんじゃ）は、熊本県山鹿市山鹿に鎮座する神社である。景行天皇を主祭神とし、阿蘇十二神を併せ祀る。旧社格は県社。 |
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| 9．岡留熊野座神社 ・〒868-0415 熊本県球磨郡あさぎり町免田西1579 |
| 岡留熊野座神社（おかどめくまのざじんじゃ）は、熊本県球磨郡あさぎり町にある神社である。 |
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| 10．小川阿蘇神社 ・熊本県宇城市小川町小川11 |
| 小川阿蘇神社（おがわあそじんじゃ）は、熊本県宇城市小川町小川にある神社である。旧社格は村社。 |
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| 11．小国両神社 ・熊本県阿蘇郡小国町宮原1670番地 |
| 小国両神社（おぐにりょうじんじゃ）は、熊本県阿蘇郡小国町宮原に鎮座する神社。富くじに関する開運招福の逸話が伝わり、境内社の祇園社に伝わる獅子舞や、神幸祭に奉納される下城楽、中原楽とよばれる神事芸能は、無形民俗文化財に指定されている。 |
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| 12．男成神社 ・熊本県上益城郡山都町男成519 |
| 男成神社（おとこなりじんじゃ）は、熊本県上益城郡山都町に鎮座する神社である。旧社格は郷社[1]。 |
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| 13．甲斐神社 (嘉島町) ・熊本県上益城郡嘉島町上六嘉2242 |
| 甲斐神社（かいじんじゃ）は、熊本県上益城郡嘉島町上六嘉にある神社で、 郷土の武将甲斐宗立・甲斐宗運公を祭神とする神社であるが、宗立公を手足の神様である足手荒神として祀った神社として有名で、九州各地にある足手荒神信仰の総本社である[1]。六嘉村大字上六嘉字中郡にあったことから[2]、中郡甲斐神社という[3]通称は足手荒神。足手荒神社ともいう[4]。中郡甲斐神社という神社名は戦後、神社本庁の被包括宗教法人として昭和28年に宗教法人成立の際に当時の代表役員によってつけられた宗教法人上の神社名であり、正式な神社名は甲斐神社である[5]。 |
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| 14．貝洲加藤神社 ・熊本県八代市鏡町貝洲699 |
| 貝洲加藤神社（かいずかとうじんじゃ）は、熊本県八代市鏡町貝洲に鎮座する神社である。御祭神は加藤清正公。旧社格は村社。 |
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| 15．海東阿蘇神社 ・熊本県宇城市小川町西海東1294 |
| 海東阿蘇神社（かいとうあそじんじゃ）は、熊本県宇城市小川町西海東に鎮座する神社である。旧社格は村社。 |
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| 16．菊池神社 (菊池市) ・熊本県菊池市隈府1257 |
| 菊池神社（きくちじんじゃ）は、熊本県菊池市に鎮座する神社である。南北朝時代に南朝側で戦った菊池氏の3代を祭る。建武中興十五社のうちの一社である。旧社格は別格官幣社で現在神社本庁の別表神社。 |
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| 17．草部吉見神社 ・熊本県阿蘇郡高森町草部2175 |
| 草部吉見神社（くさかべよしみじんじゃ）は、熊本県阿蘇郡高森町に鎮座する神社である。旧社格は郷社。日本三大下り宮の一社。 |
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| 18．甲佐神社 ・熊本県上益城郡甲佐町上揚882 |
| 甲佐神社（こうさじんじゃ）は、熊本県上益城郡甲佐町に鎮座する神社である。肥後国二宮で、旧社格は郷社。 |
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| 19．郡浦神社 ・熊本県宇城市三角町郡浦2666 |
| 郡浦神社（こうのうらじんじゃ、こおのうらじんじゃ）は、熊本県宇城市三角町郡浦にある神社である。肥後国三宮と伝える。旧社格は郷社。 |
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| 20．河江神社 ・熊本県宇城市小川町南新田317 |
| 河江神社（ごうのえじんじゃ）は、熊本県宇城市小川町南新田に鎮座する神社である。住吉宮とも称する。旧社格は村社。 |
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| 21．国造神社 ・熊本県阿蘇市一の宮町手野2100 |
| 国造神社（こくぞう じんじゃ、くにのみやつこ じんじゃ）は、熊本県阿蘇市一の宮町手野に鎮座する神社。旧官幣大社阿蘇神社の北方に鎮座するため、北宮と称される。延喜式内社で、旧社格は県社[1]。 |
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| 22．佐伊津神社 ・熊本県天草市佐伊津町2436 |
| 佐伊津神社（さいつじんじゃ）は、熊本県天草市佐伊津町2436番地に鎮座する神社。天草市の東海岸の国道324号線から少し住宅地入り込んだところにある。古くは、「十五社」と記した（石の扁額が現存する）。社格は村社で神社本庁包括の神社である。約60社（現在は約80社）と存在する天草独特の十五社宮の一社である。 |
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| 23．塩屋八幡宮 ・熊本県八代市八幡町1-11 |
| 塩屋八幡宮（しおやはちまんぐう）は、熊本県八代市八幡町にある神社である。旧社格は村社。 |
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| 24．鈴木神社 ・熊本県天草市本町本681 |
| 鈴木神社（すずきじんじゃ）は、熊本県天草市にある神社である。 |
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| 25．住吉神社 (宇土市) ・熊本県宇土市住吉町2067 |
| 住吉神社（すみよしじんじゃ）は、熊本県宇土市住吉町住吉自然公園にある神社。旧社格は県社[1]。 |
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| 26．砥川神社 ・熊本県上益城郡益城町砥川字宮ノ本2027 |
| 砥川神社（とがわじんじゃ）は、熊本県上益城郡益城町砥川の岩戸川の南地域の字「宮ノ本」に所在する神社である。砥川宮（とがわぐう）とも、同県阿蘇市鎮座の阿蘇神社の末社とされた為に砥川阿蘇神社とも呼ばれる。 |
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| 27．豊福阿蘇神社 ・熊本県宇城市松橋町豊福503 |
| 豊福阿蘇神社（とよふくあそじんじゃ）は、熊本県宇城市松橋町豊福にある神社である。旧社格は郷社。 |
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| 28．西岡神宮 ・熊本県宇土市神馬町694 |
| 西岡神宮（にしおかじんぐう）は、熊本県宇土市神馬町にある神社である。旧社格は郷社。 |
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| 29．梅林天満宮 ・熊本県玉名市津留499 |
| 梅林天満宮（ばいりんてんまんぐう）は、熊本県玉名市にある神社（天満宮）。旧社格は村社[1]。 |
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| 30．萩原菅原神社 ・熊本県八代市萩原町1丁目8番10号 |
| 萩原菅原神社（はぎわらすがわらじんじゃ）、萩原天満宮（はぎわらてんまんぐう）は、熊本県八代市萩原町にある神社である。旧社格は村社。 |
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| 31．疋野神社 ・熊本県玉名市立願寺457 |
| 疋野神社（ひきのじんじゃ）は、熊本県玉名市に鎮座する神社である。延喜式内社で、旧社格は県社。 |
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| 32．幣立神社 ・熊本県上益城郡山都町大野712 |
| 幣立神社（へいたてじんじゃ）、幣立神宮（へいたてじんぐう）は、熊本県上益城郡山都町大野に鎮座する神社。日の宮（ひのみや）ともいう。旧社格は郷社。 |
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| 33．穂積阿蘇神社 ・熊本県下益城郡美里町三和10 |
| 穂積阿蘇神社（ほづもりあそじんじゃ、ほづみあそじんじゃ）は、熊本県下益城郡美里町に鎮座する神社である。旧社格は郷社。 |
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| 34．本渡諏訪神社 ・熊本県天草市諏訪町8-3 |
| 本渡諏訪神社（ほんどすわじんじゃ）は、熊本県天草市にある神社。二度に亘る元寇の折、本渡城主の天草大夫大蔵太子（あまくさだゆうおおくらふとこ）という女傑が水軍を率いて出陣し、諏訪大明神の御加護により戦功をいただいた神恩に感謝し、弘安6年（1283年）8月1日、天草氏領土内の総鎮守として諏訪大社より御分霊を奉じた神社である。 |
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| 35．松井神社 ・熊本県八代市北の丸町2-18 |
| 松井神社（まついじんじゃ）は、熊本県八代市北の丸町に鎮座する神社である。旧社格は郷社。 |
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| 36．松橋神社 ・熊本県宇城市松橋町松橋1218 |
| 松橋神社（まつばせじんじゃ）は、熊本県宇城市松橋町松橋にある神社である。松橋熊野宮（まつばせくまのぐう）、松橋権現社（まつばせごんげんしゃ）とも称する。旧社格は村社。 |
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| 37．宮原三神宮 ・熊本県八代郡氷川町宮原492 |
| 宮原三神宮（みやはらさんじんぐう、みやのはらさんじんぐう）は、熊本県八代郡氷川町にある神社である。旧社格は郷社。八代北部全域の守護神として尊崇されている。 |
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| 38．守山八幡宮 (宇城市) ・熊本県宇城市小川町南部田1108 |
| 守山八幡宮（もりやまはちまんぐう）は、熊本県宇城市小川町南部田にある神社である。旧社格は郷社。 |
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| 39．八代宮 ・熊本県八代市松江城町7-34 |
| 八代宮（やつしろぐう）は、熊本県八代市にある神社である。旧社格は官幣中社。 |
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| 40．八代神社 ・熊本県八代市妙見町 |
| 八代神社（やつしろじんじゃ）は、熊本県八代市妙見町にある神社である。妙見宮（みょうけんぐう）、妙見さん。旧社格は県社。上宮、中宮、下宮の三宮からなるが、現在は下宮が本宮である。福島県の相馬妙見、大阪府の能勢妙見と並んで、日本三大妙見の一つといわれる。 |
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| 41．山森阿蘇神社 ・熊本県玉名郡和水町西吉地1399 |
| 山森阿蘇神社（やまもりあそじんじゃ）は、熊本県玉名郡和水町西吉地にある神社。阿蘇神社の系列にあたる。 |
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| 42．若宮神社 (八代市) ・熊本県八代市東陽町南3466 |
| 若宮神社（わかみやじんじゃ）は、熊本県八代市東陽町南に鎮座する神社である。旧社格は郷社。 |
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| 43．若宮神社 (美里町) ・熊本県下益城郡美里町馬場605 |
| 若宮神社（わかみやじんじゃ）は、熊本県下益城郡美里町に鎮座する神社である。旧社格は郷社。 |
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| 44．鐙田杵築神社 ・熊本市北区植木町鐙田525 |
| 鐙田杵築神社（あぶみだ きつきじんじゃ）は、熊本県熊本市北区植木町に鎮座する神社である。旧社格は村社。 |
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| 45．石神八幡宮 ・熊本県熊本市西区島崎4丁目9-2 |
| 石神八幡宮（いしがみはちまんぐう）は、熊本県 熊本市にある品陀和気命（応神天皇）を祀る神社。1264年創建。 |
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| 46．出水神社 (熊本市) ・熊本県熊本市中央区水前寺公園8-1 |
| 出水神社（いずみじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区の水前寺成趣園内にある神社である。熊本藩歴代藩主を祀る神社として、明治時代にかつての家臣らによって創建された。旧社格は県社。 |
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| 47．小木阿蘇神社 ・熊本市南区城南町塚原997 |
| 小木阿蘇神社（おぎあそじんじゃ）は、熊本県熊本市南区城南町に鎮座する神社である。旧社格は郷社。 |
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| 48．加藤神社 ・熊本県熊本市中央区本丸2-1 |
| 加藤神社（かとうじんじゃ）は、熊本県熊本市の熊本城内にある神社である。 |
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| 49．上弓削神社 ・熊本県熊本市東区弓削町258 |
| 上弓削神社（かみゆげじんじゃ）は熊本県熊本市にある神社。白川左岸の弓削町に鎮座するが、対岸の弓削神社とともに弓削神社と総称される場合もある。弓削法皇社ともいう。 |
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| 50．河尻神宮 ・熊本市南区八幡5丁目1-50 |
| 河尻神宮（かわしりじんぐう）は、熊本県熊本市南区に鎮座する神社である。旧社格は県社。 |
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| 51．北岡神社 ・熊本市西区春日1丁目8-16 |
| 北岡神社（きたおかじんじゃ）は、熊本県熊本市西区春日1丁目に鎮座する神社である。平安時代に京都の祇園社の分霊を勧請して創建されたと伝わり、熊本市域においては藤崎八旛宮と並ぶ由緒を持つ古社である。旧社格は県社[1]。 |
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| 52．熊本県護国神社 ・熊本県熊本市中央区宮内3-1 |
| 熊本県護国神社（くまもとけんごこくじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区にある神社（護国神社）である。 |
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| 53．熊本城稲荷神社 ・熊本県熊本市中央区本丸3-13 |
| 熊本城稲荷神社（くまもとじょういなりじんじゃ）は、熊本県熊本市にある神社。通称「白髭さん」。 |
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| 54．熊本大神宮 ・熊本県熊本市中央区本丸3-5 |
| 熊本大神宮（くまもとだいじんぐう）は、熊本県熊本市中央区にある神社。熊本城東側に位置し、南隣に熊本城稲荷神社がある。本殿向かって左側には熊本城本丸の石垣がそびえている。 |
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| 55．健軍神社 ・熊本県熊本市東区健軍本町13-1 |
| 健軍神社（けんぐんじんじゃ）は、熊本県熊本市東区にある神社である。阿蘇神社（阿蘇市）、甲佐神社（こうさじんじゃ、甲佐町）、郡浦神社（こうのうらじんじゃ、宇城市）と共に阿蘇四社とも称せられる。 |
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| 56．桜山神社 (熊本市) ・熊本市中央区黒髪5-7-57 |
| 桜山神社（さくらやまじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区に鎮座する神社である[1]。天照大御神・豊受大神を主祭神とし、林桜園、明治維新で活躍した肥後勤王党の志士、神風連の烈士らを合わせ祀る。境内には「神風連資料館」がある[2]。 |
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| 57．新開大神宮 ・熊本県熊本市南区内田町1266 |
| 新開大神宮（しんかいだいじんぐう）は、熊本県熊本市南区内田町にある神社である。旧社格は郷社。 |
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| 58．高橋稲荷神社 ・熊本県熊本市西区上代九丁目6-20 |
| 高橋稲荷神社（たかはしいいなりじんじゃ）は、熊本県熊本市西区にある神社である。登記上の宗教法人名称は高の異体字である髙（はしごだか）を使用した髙橋稲荷神社。 |
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| 59．近津鹿島神社 ・熊本市西区松尾町近津953 |
| 近津鹿島神社（ちこうづ かしまじんじゃ）は、熊本県熊本市西区松尾町に鎮座する神社である。旧社格は村社。「火の神祭り」で知られる。 |
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| 60．藤崎八旛宮 ・熊本県熊本市中央区井川淵町 |
| 藤崎八旛宮（ふじさきはちまんぐう）は、熊本県熊本市中央区にある神社である。旧社格は国幣小社。熊本市域の総鎮守として信仰を集める。 |
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| 61．別所琴平神社 ・熊本市中央区琴平本町12-27 |
| 別所琴平神社（べっしょことひらじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区に鎮座する神社である。通称は別所のこんぴらさん。旧社格は村社。 |
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| 62．宮地神社 (七所宮) ・熊本市南区城南町宮地935 |
| 宮地神社（みやじじんじゃ）は、熊本県熊本市南区城南町に鎮座する神社である。通称 七所宮 （しちしょうぐう）として知られる。旧社格は郷社。 |
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| 63．本村神社 (熊本市) ・熊本県熊本市中央区大江本町7-1 |
| 本村神社（もとむらじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区大江本町にある神社である。 |
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| 64．弓削神社 (熊本市) ・熊本県熊本市北区龍田町弓削489 |
| 弓削神社（ゆげじんじゃ）は熊本県熊本市にある神社。白川右岸の龍田町弓削に鎮座するが、対岸の上弓削神社とともに弓削神社と総称される場合もある。「ホウオウさん」と通称され、弓削神宮とも称する。川を挟んで二座の弓削神社が鎮座する形式は、当社以外にも八尾市の弓削神社（長瀬川）、久留米市の弓削神社（筑後川）等があるが、関連は不明である。 |
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| 65．六殿神社 ・熊本市南区富合町木原2378 |
| 六殿神社（ろくでんじんじゃ）は、熊本県熊本市南区に鎮座する神社である。長寿寺（木原不動）と同じく雁回山（木原山）にある。旧社格は郷社。 |
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