| 1．菊池五山 (寺格) |
| 菊池五山（きくちござん）とは、肥後国菊池における禅宗の寺格である。 |
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| 2．相良寺 ・熊本県山鹿市菊鹿町相良370 |
| 相良寺（あいらじ）は、熊本県山鹿市菊鹿町相良にある天台宗の寺院。九州四十九院薬師霊場第31番札所。肥後西国観音霊場第33番札所。山鹿三十三観音霊場第33番札所。通称は相良観音。 |
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| 3．医王寺 (八代市) ・熊本県八代市袋町5-34 |
| 医王寺（いおうじ）は、熊本県八代市袋町にある高野山真言宗の寺院。九州八十八ヶ所百八霊場第54番札所。通称は足手荒神[1]。 |
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| 4．雲巌禅寺 ・熊本県熊本市西区松尾町平山589 |
| 雲巌禅寺（うんがんぜんじ）は、熊本県熊本市西区松尾町平山にある曹洞宗の寺院。山号は宝華山または岩殿山[1]。 |
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| 5．永国寺 ・熊本県人吉市土手町5 |
| 永国寺（えいこくじ／ようこくじ[1]）は、熊本県人吉市土手町にある曹洞宗の寺院。大本山總持寺の直末寺で、人吉・球磨地域の曹洞宗寺院16箇寺の本寺。肥後三十三観音第9番札所。寺に伝わる幽霊の掛け軸や幽霊が現れたという伝承のある池があり幽霊寺の異名で知られる[2]。 |
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| 6．永秀寺 (熊本県高森町) ・熊本県阿蘇郡高森町大字芹口1711 |
| 永秀寺（えいしゅうじ）は、熊本県阿蘇郡高森町大字芹口にある浄土真宗本願寺派の寺院。山号は川嶺山。仏厳寺の末寺。 |
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| 7．圓頓寺 (山鹿市) ・熊本県山鹿市大字山鹿55 |
| 圓頓寺（えんとんじ）は、熊本県山鹿市大字山鹿にある日蓮宗の寺院。山号は常明山（じょうみょうさん）。旧本山は熊本本妙寺（六条門流）。親師法縁。 |
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| 8．往生院 (熊本市) ・ 日本 熊本県熊本市西区池田1-2-50 |
| 往生院（おうじょういん）は、熊本県熊本市西区にある浄土宗の寺院。山号は無量寿山。寺号は泰安寺。本尊は阿弥陀如来。 |
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| 9．観音寺 (人吉市) ・熊本県人吉市願成寺町970 |
| 観音寺（かんのんじ）は、熊本県人吉市願成寺町にある臨済宗妙心寺派の寺院。山号は正法山。本尊は聖観音。他に釈迦如来像（聖観音の右に設置）、阿弥陀如来像（聖観音の左に設置）を蔵している。道路案内等では「観音禅寺」とも表記。 |
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| 10．廣福寺 (玉名市) ・熊本県玉名市石貫1379 |
| 廣福寺（こうふくじ）は、熊本県玉名市石貫にある曹洞宗の寺院である。大本山・永平寺の直末寺。小岱山系観音岳の東麓に位置する。肥後西国観音霊場第24番札所。 |
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| 11．康平寺 ・熊本県山鹿市鹿央町霜野1870-2 |
| 康平寺（こうへいじ）は熊本県山鹿市鹿央町霜野にある山岳密教寺院である。本尊は千手観音（熊本県重要文化財）。 |
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| 12．西岸寺 (熊本市) ・熊本県熊本市中央区下通2-8-2 |
| 西岸寺（さいがんじ）は、熊本県熊本市中央区下通にある浄土宗の寺院。 |
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| 13．西巌殿寺 ・熊本県阿蘇市黒川1114 |
| 西巌殿寺（さいがんでんじ）は、熊本県阿蘇市黒川にある天台宗の寺院。山号は阿蘇山。古くから阿蘇山修験道の拠点として機能し、九州の天台宗の中で最高位の寺格を持つ寺院のひとつである。 |
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| 14．三宝寺 (宇城市) ・熊本県宇城市小川町南部田1138 |
| 三宝寺（さんぽうじ）は、熊本県宇城市小川町南部田に所在する黄檗宗の寺院である。山号は梵福山。 |
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| 15．釈迦院 (八代市) ・熊本県八代市泉町柿迫5535 |
| 釈迦院（しゃかいん）は、熊本県八代市泉町柿迫にある天台宗の寺院。山号は金海山（きんかいざん）で、詳しくは金海山大恩教寺釈迦院（きんかいざんだいおんきょうじしゃかいん）と号する。 |
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| 16．岫雲院 ・熊本県熊本市西区春日3丁目2-4 |
| 岫雲院（しゅううんいん）は、熊本県熊本市西区春日に所在する臨済宗大徳寺派の寺院である。春日寺（かすがんじ）ともいう。 熊本駅前再開発に伴い、2013年に解体、改築され、2014年4月20日に、落慶法要が行われた。 |
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| 17．正覚寺 (宇城市) ・熊本県宇城市小川町西海東1681 |
| 正覚寺（しょうかくじ）は、熊本県宇城市小川町西海東に所在する浄土真宗本願寺派の寺院。山号は大音山。 |
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| 18．正観寺 (菊池市) ・熊本県菊池市隈府東正観寺1128 |
| 正観寺（しょうかんじ）は、熊本県菊池市隈府にある臨済宗南禅寺派の寺院である。山号は熊耳山（ゆうじさん）。本尊は釈迦如来[1]。 |
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| 19．聖護寺 ・熊本県菊池市大字龍門字班蛇口2034 |
| 聖護寺（しょうごじ）は、熊本県菊池市にある曹洞宗の寺院。開山は大智祖継、開基は菊池武重。中興開山は村上素道。 |
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| 20．生善院 (熊本県水上村) ・熊本県球磨郡水上村大字岩野3542 |
| 生善院（しょうぜんいん）は、熊本県球磨郡水上村にある真言宗智山派の寺院である。寺に残る伝説から、「猫寺」の通称で知られる。山門脇には、狛犬ならぬ「狛猫」が置かれる。 |
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| 21．成道寺 (熊本市) ・熊本県熊本市西区花園7丁目2476 |
| 成道寺（じょうどうじ）は、熊本県熊本市西区花園、柿原にある臨済宗南禅寺派の寺院である。 |
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| 22．浄行寺 (熊本市) ・熊本県熊本市中央区坪井3-10-18 |
| 浄行寺（じょうぎょうじ）は、熊本県熊本市中央区坪井にある浄土真宗本願寺派の寺院。山号は長流山。 |
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| 23．摂取寺 ・熊本県宇城市小川町北部田533 |
| 摂取寺（せっしゅじ）は、熊本県宇城市小川町北部田[1]に所在する浄土宗の寺院である。山号は海雲山。 |
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| 24．宗覚寺 ・熊本県八代市妙見町2445 |
| 宗覚寺（そうかくじ）は、熊本県八代市妙見町にある日蓮宗の寺院。山号は泉福山。旧本山は熊本本妙寺。本堂は八代市指定文化財。 |
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| 25．宗福寺 (宇土市) |
| 宗福寺（そうふくじ）は、熊本県宇土市椿原町（つばわらまち）[1]に建てられた名和系宇土氏の菩提寺である。八代郡妙見町の曹洞宗悟真寺の末寺で、永正年間（1504 – 1521年）に建立された。開山は利屋貞和尚。 |
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| 26．大慈寺 (熊本市) ・熊本県熊本市南区 |
| 大慈寺（だいじじ）は熊本県熊本市南区にある曹洞宗の寺院。山号は大梁山（だいりょうざん）。元九州本山。修行道場として僧堂がある。本尊は釈迦三尊。「大慈禅寺（だいじぜんじ）」の名でも知られる。 |
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| 27．高瀬五ヶ寺 |
| 高瀬五ヶ寺（たかせごかじ）または高瀬五か寺[1]とは、南北朝時代から江戸時代にかけて、現在の玉名市で栄えた清源寺、願行寺、永徳寺、宝成就寺、寿福寺 の総称[2]。願行寺を除き、いずれも明治時代の廃仏毀釈により廃寺となり、建物は残っていない。 |
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| 28．長寿寺 (熊本市) ・熊本県熊本市南区富合町木原2040 |
| 長寿寺（ちょうじゅじ）は、熊本県熊本市南区富合町木原にある天台宗の寺院。比叡山延暦寺の末寺。木原不動（木原不動尊）の通称で親しまれる。 |
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| 29．塔福寺 ・熊本県宇城市小川町東海東45 |
| 塔福寺（とうふくじ）は、熊本県宇城市小川町東海東に所在する真宗大谷派の寺院である。山号は竜光山。 |
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| 30．東福寺 (菊池市) ・熊本県菊池市亘406 |
| 東福寺（とうふくじ）は、熊本県菊池市亘にある天台宗の寺院である。菊池五山の１つ。 |
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| 31．如来寺 (宇土市) ・熊本県宇土市岩古曽町上古閑 |
| 如来寺（にょらいじ）は、かつて肥後国宇土郡（現在の熊本県宇土市）にあった曹洞宗の寺院。山号は三日山（さんちざん）。本尊は釈迦如来座像。後鳥羽天皇（順徳天皇とも）の皇子であるという寒巌義尹が、肥後へ来て最初に開創した寺院である。 |
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| 32．本願寺人吉別院 ・熊本県人吉市七日町25 |
| 本願寺人吉別院（ほんがんじひとよしべついん）は、熊本県人吉市七日町にある浄土真宗本願寺派の寺院。同派の別院。 |
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| 33．本妙寺 (熊本市) ・熊本県熊本市西区花園4-13-1 |
| 本妙寺（ほんみょうじ）は、熊本市西区の熊本城北西にある日蓮宗六条門流の寺で大本山本圀寺から「六条門流九州総導師」の特別寺格を与えられている。山号は発星山。本尊は十界曼荼羅。親師法縁。日蓮宗の熱心な信者であり肥後熊本藩の初代藩主・加藤清正を祀る浄池廟（じょうちびょう）があることで知られる。浄池廟の奥には長い石段があり、これを上ると清正の銅像がある。 |
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| 34．満願寺 (熊本県南小国町) ・熊本県阿蘇郡南小国町満願寺2292番地 |
| 満願寺（まんがんじ）は、熊本県阿蘇郡南小国町満願寺にある高野山真言宗の寺院である。山号は立護山。本尊は地蔵菩薩。九州観音霊場三十三ヶ所第16番。 |
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| 35．妙永寺 (熊本市) ・熊本市中央区横手一丁目14番19号 |
| 妙永寺（みょうえいじ）は、熊本県熊本市中央区横手一丁目にある日蓮宗の寺院。山号は寿福山。旧本山は熊本本妙寺、親師法縁。 |
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| 36．明導寺 ・熊本県球磨郡湯前町1955（重要文化財の所在地は湯前町瀬戸口） |
| 明導寺（みょうどうじ）は熊本県球磨郡湯前町にある浄土真宗本願寺派の寺院。 |
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| 37．舞鴫文殊堂 ・熊本県宇城市小川町東海東3077 |
| 舞鴫文殊堂（もうしぎ もんじゅどう）は、熊本県宇城市小川町東海東にある神仏習合の仏堂である[1]。 |
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| 38．蓮華院誕生寺 ・熊本県玉名市築地2288 |
| 蓮華院誕生寺（れんげいんたんじょうじ）は、熊本県玉名市築地にある真言律宗の寺院。山号は高原山（たかはらさん）で、本尊は皇円大菩薩。寺格は別格本山であり、奈良の西大寺を総本山とする。平安時代後期か鎌倉時代初期に創建され戦国時代に焼失した浄光寺蓮華院の跡地に、皇円から霊告を受けた初代住職の川原是信が昭和5年（1930年）に、蓮華院誕生寺として中興した。檀家はなく、信者や一般の人のために祈祷をする祈祷寺である。 |
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| 39．蓮台寺 (熊本市) ・熊本県熊本市西区蓮台寺2-10-1 |
| 蓮台寺（れんだいじ）は、熊本県熊本市西区蓮台寺にある浄土宗西山禅林寺派の寺院。肥後国三十三ヶ所観音霊場第16番札所。「檜垣寺」の異名で知られる。 |
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| 40．泰勝寺跡 |
| 泰勝寺跡（たいしょうじあと）は、熊本県熊本市中央区黒髪の立田自然公園内にある国指定の史跡。 |
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