| 1．相浦川 |
| 相浦川（あいのうらがわ）は、長崎県の北松浦半島南西部の相神浦谷（相浦谷）を西へ流れ、南九十九島へ注ぐ二級河川である。流域の全域が長崎県佐世保市に属する。長崎県の川では流路延長3位・流域面積5位の河川規模をもつ。 北隣の佐々川と同様に西へ流れ、それに多くの支流が合流する。 佐世保市街地の北東にある国見山系八天岳（標高707m）・隠居岳（標高670m）を水源とする。源流部は国見山系の溶岩台地に樹枝状の深い谷を刻む。本流は川谷貯水池で一旦貯水された後に北西へ流れ、柚木地区の盆地へ入る。 柚木では北東方向からの牟田川をはじめ多くの支流が合流する。川はさらに大野・皆瀬・中里と西へ流れる。皆瀬では北から小川内川が合流する。中里からは南西方向へ向きを変え、両岸には水田が広がる。相浦で再び住宅地の中を流れ、南九十九島へ注ぐ。 |
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| 2．有家川 |
| 有家川（ありえがわ）は、島原半島の雲仙岳南麓を南へ流れ下り、有明海南部へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県南島原市に属するが、源流域は雲仙市にも属する。島原半島では千々石川・有馬川に次ぐ3番目の河川規模をもつ。 清水川・見岳川・有家川の3本の準用河川が下流域で合流する。二級河川に指定されているのは3河川の合流点から河口までの2.2kmだが、雲仙盆地から西有家の北部を流れて合流する清水川は10.3kmの長さがある。 雲仙山系の南西部から南部にかけて連なる、絹笠山（標高879m）・矢岳（標高940m）・高岩山（標高881m）を水源とする。絹笠山と矢岳に挟まれた雲仙盆地（雲仙温泉）から清水川、矢岳の東側斜面から有家川、両河川に挟まれた高岩山の南側斜面から見岳川が流れ出す。 |
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| 3．有馬川 |
| 有馬川（ありまがわ）は、島原半島南部を東へ流れ、有明海へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県南島原市に属するが、源流部は雲仙市にも属する。 島原半島では千々石川に次ぐ河川規模をもち、特に北側から多くの支流が流れこむ。源流を除く流域のほぼ全域が田畑に利用され、農業集落やため池が点在する。 |
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| 4．伊佐ノ浦川 |
| 伊佐ノ浦川（いさのうらがわ）は、長崎県の西彼杵半島北西部を西へ流れ、五島灘（東シナ海）へ注ぐ二級河川である。流域は西海市に属し、優れた自然景観から西彼杵半島県立公園にも指定されている。 |
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| 5．一の川 |
| 一の川（いちのがわ）は、五島列島の福江島中央部を南から北へほぼ縦断し、北岸の河務湾（岐宿湾）に注ぐ二級河川である。一の河川（いちのこがわ）とも呼ばれ、上流域は二里木場川と呼ばれる。 福江島では西に並んで流れる鰐川を上回る最大の川で、延長15.3kmは長崎県内の川で第6位である。流域は全て長崎県五島市に属する[1][2][3]。 福江島南部の富江地区にある犬山瀬（標高360m）北東側斜面を水源とする。川は北へ流れ出し繁敷（しげじき）の盆地に入るが、ここには昭和53年（1978年）に繁敷ダムが完成した。 繁敷ダムを流れ出した川は山間部に谷を作りながら北へ流れ、二里木場、雨通宿（うとじゅく）を通過する。雨通宿までを「二里木場川」、以降を「一の川」「一の河川」と呼ぶ。 |
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| 6．浦上川 |
| 浦上川（うらかみがわ）は、長崎県長崎市および西彼杵郡長与町を流れる二級河川。長崎市街地北部から南下し長崎港に注ぐ川で、中島川とともに市街地の中心河川となっている。 |
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| 7．江迎川 |
| 江迎川（えむかえがわ）は、長崎県北部の北松浦半島西部を西へ流れ、九十九島北の江迎湾に注ぐ二級河川である。流域の大部分は佐世保市江迎地区（旧・北松浦郡江迎町）だが、源流部は同市吉井地区（旧・北松浦郡吉井町）、支流の高岩川源流は北松浦郡佐々町、河口左岸は佐世保市鹿町地区（旧・北松浦郡鹿町町）に属する。 |
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| 8．鹿尾川 |
| 鹿尾川（かのおがわ）は、長崎半島北西部の戸町・小ヶ倉・土井首地区を流れ、長崎湾南部へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県長崎市に属する。上流と下流に二つのダムがあり、長崎市街地南部の上水道用水確保のために利用されている。 |
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| 9．川棚川 |
| 川棚川（かわたながわ）は、佐賀県・長崎県境の桃ノ木峠を水源とし、大村湾へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県東彼杵郡波佐見町・川棚町に属する。上流の波佐見町域では波佐見川とも呼ばれる。 長崎県内の川としては延長4位・流域面積3位という屈指の規模をもち、大村湾流入河川では郡川（大村市）を上回る最大の川である。支流の石木川に多目的ダムを作る「石木ダム」計画は、長崎県・佐世保市・地元住民で賛否が分かれ、論議を呼んでいる（後述）。 |
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| 10．雞知川 |
| 雞知川（けちがわ）は、長崎県対馬市を流れる二級河川雞知川水系本流の河川である。流域は壱岐対馬国定公園の区域に指定されている。 |
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| 11．神浦川 |
| 神浦川（こうのうらがわ）は、長崎県の西彼杵半島南西部を西へ流れ、角力灘（東シナ海）に注ぐ二級河川である。流域は長崎市に属する。 平成2年（1990年）には「日本一の清流」にも選ばれたが、上流部の三方山にある廃棄物処分場（長崎三共有機）が水質汚染を起こしているとされ、問題ともなっている。 西彼杵半島南部の三方山（さんぽうざん/標高412m）、および半島中央の長浦岳（標高561m）南西側斜面を水源とする。細い渓流は山間にそれぞれV字谷を刻んで西へ流れる。長浦岳方面からの支流には長崎県道57号線が並走する。それらは扇山地区の下流・標高約120m地点で合流するが、昭和44年（1969年）にはここに神浦ダムが完成した。 |
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| 12．郡川 |
| 郡川（こおりがわ）は、多良山系の西側斜面を流れ、大村市街地の北で大村湾へ注ぐ二級河川である。大村湾流入河川では川棚川（波佐見町・川棚町）に次いで大きい。流域全てが長崎県大村市に属し、大村市街地の北部は郡川が作った扇状地の上にある。 郡岳・経ヶ岳・多良岳・五家原岳に囲まれた多良山系の西側斜面を水源とする。源流の渓流群は「黒木渓谷」と呼ばれる。それらの細流は黒木地区の下流、標高約250mの盆地に集まる。昭和37年（1962年）にはここに萱瀬ダム（かやぜだむ）が完成した。 萱瀬ダムを過ぎると流路を南へ変え、多良山系のなだらかな山裾に深い谷を刻んで流れ下る。田下町で南東方向から流れてくる南ノ川内川と合流する。合流後は谷底平野の中を西へ流れる。 |
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| 13．小森川 (長崎県) |
| 小森川（こもりがわ）は、長崎県佐世保市東部の三川内・早岐地区を流れ、早岐瀬戸へ注ぐ二級河川である。流域全体が長崎県佐世保市に属する。 |
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| 14．境川 (諫早市) |
| 境川（さかいがわ）は、長崎県諫早市を流れる一級河川本明川水系の河川である。源流部は多良岳県立公園[1]の区域に指定されている。 |
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| 15．佐護川 |
| 佐護川（さごがわ）は、上対馬北西部を流れ、佐護湾（対馬海峡西水道）へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県対馬市に属する。 流域面積53.9km2は、対馬では仁田川に次ぐ2番目、長崎県の河川でも第7位の規模である。また下流域に広がる佐護平野は、山地がほとんどを占める対馬島内にあって珍しい平野部となっている。 |
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| 16．佐々川 |
| 佐々川（さざがわ）は、長崎県北部の北松浦半島南西部を西へ流れ、九十九島を二分する佐々浦に注ぐ二級河川である。流域は佐世保市・北松浦郡佐々町に属するが、支流・福井川の一部は佐世保市江迎町にも属する。 長崎県の河川では流路延長1位・流域面積2位であったが、流路延長2位だった本明川の河口に諫早湾干拓調整池が作られて本明川の河川規模が拡大されたため、2008年度以降は流路延長・流域面積とも2位となった。 |
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| 17．佐須川 |
| 佐須川（さすがわ）は、下対馬中央部をほぼ横断し、下対馬西側の対馬海峡西水道（東シナ海側）へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県対馬市に属する。 対馬では仁田川・佐護川に次ぐ3番目の川で、流域面積40.2km2は長崎県内の河川で第9位である。流域に沿って日掛・大板・士富・若田・経塚・床谷・下原・樫根・小茂田と多くの集落があり、これらを「佐須」と総称する。 |
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| 18．佐世保川 |
| 佐世保川（させぼがわ）は、佐世保市中心部を北から南へ縦断し、佐世保港（佐世保湾）に注ぐ二級河川である。流域の全てが長崎県佐世保市に属する。 |
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| 19．志佐川 |
| 志佐川（しさがわ）は、北松浦半島東部を北西へ流れ、伊万里湾西部へ注ぐ二級河川である。流域の上流は佐賀県伊万里市、中流・下流は長崎県松浦市に属する。松浦市最大の川であり、中心河川である。 北松浦半島中央部の国見山（標高776m）北麓を水源とする。上流部は溶岩台地に樹枝状の深い谷を刻む。これらの流れは国見断層と長浜断層に仕切られた伊万里市滝野地区の盆地に集まり、幅数百mほどの谷底平野を流れ下る。 松浦市域では蛇行しながら北西へ流れ、長野川・笛吹川・落合川・庄野川などが合流する。下流域は沖積平野が広がる。右岸には松浦市中心部の街並みがあり、河口外側には砂浜が広がる。川沿いの堤防は遊歩道が作られ「志佐川河畔公園」として整備されている。 |
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| 20．彼杵川 |
| 彼杵川（そのぎがわ）は、長崎県・佐賀県境の大野原から流れ出し、大村湾へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県東彼杵町に属し、南の千綿川とともに火山性の台地を大きく削り取った渓谷を形成する。千綿川よりは平野部が広く、流域には農業集落が点在する。 長崎県東彼杵町と佐賀県嬉野市の境をなす台地「大野原」（おおのばる）の北西部を水源とする。大野原は森林と原野が広がる標高350-550m程度のなだらかな台地で、陸上自衛隊大野原演習場・茶畑（そのぎ茶）・棚田などに利用されている。また、ここにはため池の中山池・太ノ原池・平山池がある。本流は佐賀県境に近接した中山池に一旦溜まり、北西へ流れ出す。 大野原の北西部から数本の川が北へ流れ落ちて合流するが、この際に台地の縁に深いV字谷を刻む。台地を流れ落ちた水は谷底から西へ流れる。本流に沿った坂本郷や菅無田郷には谷底平野があり、川沿いに棚田や段々畑が広がる。 |
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| 21．大明寺川 |
| 大明寺川（だいみょうじがわ）は、西彼杵半島東部を流れ大村湾へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県西海市に属するが、源流部は長崎市にも属する。西彼地区では最大の川で、下流域および各支流の流域には住宅地や田畑が広がる。 |
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| 22．谷江川 |
| 谷江川（たにえがわ）は、壱岐島北部の勝本・芦辺地区を東へ流れ、玄界灘に面する芦辺漁港へ注ぐ二級河川である。流域は全て長崎県壱岐市に属する。壱岐島では中部の幡鉾川に次ぐ第2位の河川規模をもち、幡鉾川と同様に緩やかな傾斜の川である。また支流にはダムやため池が多い。 |
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| 23．千々石川 |
| 千々石川（ちぢわがわ）は、島原半島西岸を北西へ流れ下り、橘湾へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県雲仙市に属する。島原半島最大の川で、橘湾に流入する最大の川でもある。 流域は雲仙地溝内にあたり、北の千々石断層と南の木場断層・別所断層に仕切られる。落差が大きく水量も安定しているため、明治時代末から水力発電が行われている。 |
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| 24．千綿川 |
| 千綿川（ちわたがわ）は、多良山系の北西側斜面を流れ、大村湾へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県東彼杵町に属する。 火山性の台地を抉って渓谷を刻み、北の彼杵川よりも険しい浸食地形を形成する。上流部の「龍頭泉」（りゅうとうせん : 千綿渓四十八潭、千綿渓谷、千綿峡などとも）は自然景勝地として知られ、多良岳県立自然公園の一部に指定されている。 |
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| 25．中島川 |
| 中島川（なかしまがわ）は、長崎県長崎市を流れ長崎港に注ぐ二級河川。江戸期には「大川」ともいわれていた。 多数の橋が架設されており、このうち、石造2連アーチ橋の眼鏡橋は国の重要文化財に、桃渓橋と袋橋（いずれも石造アーチ橋）は長崎市の有形文化財に指定されている[1]。複数個所が護岸工事されており、川岸へ下りる階段も設置されているため、観光などの目的で歩くことも可能。放流されている鯉などを水辺から間近に見ることができる。 |
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| 26．長与川 |
| 長与川（ながよがわ）は、大村湾南岸の琴ノ尾岳西麓を流れ、長与浦に注ぐ二級河川である。流域は長崎県西彼杵郡長与町に属し、川に沿って住宅地や田畑が広がる。 |
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| 27．仁田川 |
| 仁田川（にたがわ）は、上対馬中央部を西へ流れ、仁田湾（対馬海峡西水道）へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県対馬市に属する。上対馬をほぼ横断する対馬最大の川で、流域面積79.9km2は長崎県内の河川でも本明川・佐々川・川棚川に次ぐ第4位である。 水系としては、南隣を流れ河口近くで合流する飼所川（かいどこがわ）を含めて「仁田川水系」と定義される。南の飼所川に対し、北の仁田川を瀬田川とも呼ぶ。飼所・瀬田とも下流域の集落名である。 |
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| 28．幡鉾川 |
| 幡鉾川（はたほこがわ）は、壱岐島中央部を流れ、東部の内海（うちめ : 内海湾とも）に注ぐ二級河川である。 壱岐島では北部の谷江川を上回る最大の川で、流域の全てが長崎県壱岐市に属する。河内川（こうちがわ）とも呼ばれる。流域には「物部田原」「木田田原」「深江田原（河内盆地）」といった平野部が広がり、国の特別史跡に指定された原の辻遺跡もこの川の下流域にある。 芦辺町湯岳地区の西にある鉾の木山（標高135m）を水源とする。本流はまず西、次いで南へ流れる。柳田方面からの支流が合流した後は東へ流路を変える。 下流域は約3km2の河内盆地が広がり、大原・湯岳・池田・深江といった集落がある。川は町谷川や池田川などの支流を併せながら、水田地帯の中を東へ流れる。河内盆地の最下流に原の辻遺跡があり、旧石器時代から中世までの複合遺跡となっている。内海へ注ぐ河口域は壱岐島を形成する溶岩台地を刻む谷となっていて、両岸に丘陵地が迫る。 |
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| 29．八郎川 |
| 八郎川（はちろうがわ）は、長崎市の古賀・矢上地区を南へ流れ、天草灘へ注ぐ二級河川である。東長崎地区の中心河川で、流域は長崎県長崎市に属する。川の名は「鎮西八郎」と呼ばれた源為朝に由来している。 |
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| 30．東大川 |
| 東大川（ひがしおおかわ）は、諫早市街地の西部を流れて大村湾最奥部へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県諫早市に属するが、下流北側は大村市にも属する。諫早市では本明川に次ぐ河川規模をもつ。 河口の津水町は、江戸期に諫早藩（佐賀藩支藩）の貿易拠点「津水港」が作られて栄えた歴史がある。西に接して流れる西大川（延長1.8km・流域面積5.1km²）と対をなして「東大川」と呼ばれる。 |
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| 31．福江川 |
| 福江川（ふくえがわ）は、五島列島の福江島東部を東へ流れ、五島灘（福江港）へ注ぐ二級河川である。流域は全て長崎県五島市に属する。 五島市の中心地たる福江の街並みを横断する重要な川で、本流に二つのダムがある。上流域は一里川とも呼ばれる。福江島では一の川・鰐川に次ぐ3番目の規模をもつ。 |
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| 32．本明川 |
| 本明川（ほんみょうがわ）は、長崎県の多良山系南斜面から諫早市街中心部を流れ、諫早湾（有明海）に注ぐ川である。 長崎県内では唯一の一級河川である。2008年4月25日より諫早湾干拓調整池と調整池への流入河川も「本明川水系」に組み込まれ[1]、流路延長・流域面積とも長崎県第1位となった。流域の大部分は諫早市に属するが、調整池の南部は雲仙市にも属する。上流部に本明川ダムが建設中である。 |
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| 33．水無川 (長崎県) |
| 水無川（みずなしがわ）は、島原半島中央部の雲仙岳東斜面から有明海（島原湾）へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県島原市と南島原市の境になっているが、源流部の一部は雲仙市にも属する。 流域の全てが雲仙岳に由来する火山砕屑物に覆われ、地表を水が流れるのは降雨時のみである。1990年-1995年の雲仙普賢岳噴火では、この流域に沿って土石流・火砕流が流れ下って大きな被害を出し、地形も大きく変化した。 |
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| 34．三根川 |
| 三根川（みねがわ）は、上対馬南西部を南へ流れ、対馬海峡西水道の三根湾へ注ぐ二級河川である。流域は長崎県対馬市に属する。 対馬では仁田川・佐護川・佐須川に次ぐ4番目の規模をもつ。下流域の三根地区は対馬島内で最も早く開けた地域で、多くの遺跡がある。谷に沿って各方面への道が作られ、上対馬の交通の要所となっている。 |
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| 35．雪浦川 |
| 雪浦川（ゆきのうらがわ）は、長崎県の西彼杵半島西部を流れ、角力灘（東シナ海）に注ぐ二級河川である。西彼杵半島最大の川で、流域は西海市と長崎市に属する。本流全体は「へ」の字型で、それに多くの支流が合流する。 |
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| 36．鰐川 (長崎県) |
| 鰐川（わにがわ）は、五島列島の福江島中央部の山内盆地から北東へ流れ、岐宿湾へ注ぐ二級河川である。流域は全て長崎県五島市に属する。 福江島では東に並んで流れる一の川に次ぐ河川規模をもち、延長14.6kmは長崎県内の川で第7位である。流域の岐宿地区は田畑が多く、「五島の穀倉」とも称される。鰐川はこれらの田畑を潤す重要な川である。 |
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