| 1．諏訪川 (九州) |
| 諏訪川（すわがわ）は、熊本県玉名郡南関町を源流とし、荒尾市を経て福岡県大牟田市で有明海へ注ぐ二級河川である。 上・中流域にあたる熊本県内区間（福岡県との境をなしている区間を含む）においては関川（せきかわ）と呼ばれる。 |
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| 2．井芹川 |
| 井芹川（いせりがわ）は、熊本県熊本市を流れ坪井川に合流する。熊本市北区植木町から上流を鐙田川（あぶみだがわ）と言う。鐙田川以外の区間は熊本県が管理する二級河川である。 |
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| 3．兎谷川 |
| 兎谷川（うさぎだにがわ）は、熊本県熊本市北区を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 4．大矢川 |
| 大矢川（おおやがわ） |
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| 5．加勢川 |
| 加勢川（かせがわ）は、熊本県中部を流れる緑川水系の一級河川であり、加勢川と木山川が合流した地点から国土交通省の管轄とされている。 |
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| 6．河内川 (熊本県) |
| 河内川（かわちがわ）は、熊本県熊本市西区河内町を流れる河内川水系の二級河川であり、熊本県が管理している。 |
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| 7．川辺川 |
| 川辺川（かわべがわ）は、球磨川水系最大の支流で熊本県を流れる一級河川。 |
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| 8．菊池川 |
| 菊池川（きくちがわ）は、熊本県北部を流れる菊池川水系の本流で、一級河川である。西南戦争の激戦区の一つとなった。 源流部の菊池渓谷は阿蘇くじゅう国立公園の区域内で名水百選、森林浴の森百選、水源の森百選、日本の滝百選に選定されている。 |
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| 9．木山川 |
| 木山川（きやまがわ）は、熊本県中北部を流れる緑川水系の一級河川であり、熊本県が管理している。 |
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| 10．球磨川 |
| 球磨川（くまがわ）は、熊本県南部の人吉盆地を貫流し、川辺川をはじめとする支流を併せながら、八代平野に至り八代海（不知火海）に注ぐ一級河川で、球磨川水系の本流である。熊本県内最大の川であり、最上川・富士川と並ぶ日本三大急流の一つ。日本二十五勝にも選定されている。 |
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| 11．黒川 (熊本県) |
| 黒川（くろかわ）は、熊本県阿蘇市・阿蘇郡南阿蘇村を流れる白川水系の一級河川。白川水系最大の支流であり、阿蘇カルデラの北側（阿蘇谷）部分を流れる本河川は、南側（南郷谷）部分を流れる本流の白川と対比されることが多い。カルデラ域における流域面積は白川本流の1.2倍超に及ぶ。 河川名は、豊富な湧水源から出る清らかな流水という意味の白川に対し、火山灰を含む濁水という意味から来ている[1]。 |
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| 12．合志川 |
| 合志川（こうしがわ）は、熊本県北部を流れる菊池川水系の一級河川である。 |
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| 13．麹川 |
| 麹川（こうじがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 14．木葉川 |
| 木葉川（このはがわ）は、熊本県北部を流れる菊池川水系の一級河川である。 |
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| 15．笹原川 (熊本県) |
| 笹原川（ささはらかわ、ささわらがわ）は、阿蘇の南外輪山、熊本県中部を流れる緑川水系の支流で、一級河川。 |
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| 16．白川 (熊本県) |
| 白川（しらかわ）は、熊本県中北部を流れる一級河川。一級水系白川の本流である。水源は環境省により、名水百選に選定されている。 |
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| 17．砂川 (熊本県) |
| 砂川（すながわ）は、熊本県宇城市・八代郡氷川町を流れる二級河川。 |
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| 18．千間江湖川 |
| 千間江湖川（せんげんえごがわ）は、熊本県熊本市を流れる熊本県管轄の二級河川である。 |
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| 19．平川 (熊本県) |
| 平川（たいらがわ）は、坪井川水系に属し井芹川の支流であり、熊本県熊本市西区を流れる普通河川である。 |
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| 20．谷尾崎川 |
| 谷尾崎川（たにおざきがわ）は、坪井川水系で井芹川の支流であり、熊本県熊本市が管理する準用河川に指定されている。 |
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| 21．玉来川 |
| 玉来川（たまらいがわ）は、熊本県及び大分県を流れる大野川水系の一級河川である。源流部は阿蘇くじゅう国立公園の指定区域に含まれている[1]。 |
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| 22．通潤用水 |
| 通潤用水（つうじゅんようすい）は、熊本県上益城郡山都町にある用水路の一つ。 |
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| 23．坪井川 (熊本県) |
| 坪井川（つぼいがわ）は、熊本県熊本市を流れる熊本県管轄の二級河川である。 |
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| 24．天明新川 |
| 天明新川（てんめいしんかわ）は、熊本県熊本市を流れる国土交通省管轄の一級河川である。 |
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| 25．西浦川 |
| 西浦川（にしうらがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 26．西谷川 (熊本県) |
| 西谷川（にしたにがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 27．馬場楠井手 |
| 馬場楠井手（ばばくすのいで）は、熊本県菊池郡菊陽町馬場楠から熊本市中央区渡鹿までの約13kmを結ぶ農業用水路。 慶長13年（1608年）、加藤清正によって開削され、現在も現役で使用されている。 400年前とはとても思えない技術を駆使した水路であり、平時も渇水時も洪水時でも一定水量を確保居し且つ堆積物で詰らない機構・鼻ぐりや「吐」といった機構を持つ。 |
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| 28．氷川 |
| 氷川（ひかわ）は、熊本県南部を流れる氷川水系の本流で、二級河川である。 |
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| 29．百太郎溝 |
| 百太郎溝（ひゃくたろうみぞ）または百太郎堰（ひゃくたろうせき）は、熊本県球磨郡多良木町、あさぎり町、錦町にある用水路。 全長18kmにおよび、一説には宝永7年[1]に完成したとされる。 |
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| 30．堀川 (熊本県) |
| 堀川（ほりかわ）は、江戸時代に開削された農業用水路。現在は坪井川水系の二級河川である。 |
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| 31．松尾川 (熊本県) |
| 松尾川（まつおがわ）は、坪井川水系であり、熊本県熊本市西区を流れる普通河川である。 |
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| 32．万石川 |
| 万石川（まんごくがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 33．緑川 |
| 緑川（みどりかわ）は、熊本県中部を流れ有明海の島原湾に注ぐ緑川水系の本流で、一級河川である。 |
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| 34．水俣川 |
| 水俣川（みなまたがわ）は、熊本県南部を流れる水俣川水系の本流で、二級河川である。 |
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| 35．矢護川 |
| 矢護川（やごがわ）は、熊本県大津町を流れる一級河川。一級水系菊池川の支流である。 |
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| 36．除川 |
| 除川（よけがわ）は、熊本県熊本市を流れる熊本県管轄の二級河川である。 |
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| 37．立福寺川 |
| 立福寺川（りゅうふくじがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 38．筑後川 |
| 筑後川（ちくごがわ）は、阿蘇山を水源として九州地方北部を東から西に熊本・大分・福岡・佐賀の4県を流れ有明海に注ぐ川である。 河川法に基づき国土交通省[注釈 1]政令によって1965年（昭和40年）に指定された一級水系・筑後川水系の本流で、一級河川に指定されている。流路延長143.0キロメートル、流域面積約2,860平方キロメートルの河川で、規模としては九州地方最大の河川である。 筑紫次（二）郎（つくしじろう。“西国にある日本第2の大河”の意）の別名で呼ばれることもあり[注釈 2]、利根川（坂東太郎）・吉野川（四国三郎）とともに日本三大暴れ川のひとつと言われる。また、上流部では田の原川・杖立川・大山川・三隈川とも呼ばれる（詳細は後述）。 |
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