| 1．山国川 |
| 山国川（やまくにがわ）は、大分県と福岡県の県境付近を流れる、一級水系山国川水系の本川。河口付近では福岡県と大分県を分ける河川として知られている。 |
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| 2．大野川 |
| 大野川（おおのがわ）は、大分県南部・中部、熊本県東部、宮崎県北部を流れる大野川水系の本流で一級河川である。 |
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| 3．赤石川 (大分県) |
| 赤石川（あかいしがわ）は、筑後川水系の支流で、大分県日田市を流れる一級河川である。 |
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| 4．安岐川 |
| 安岐川（あきがわ）は、大分県杵築市・国東市を流れる二級水系の本流の河川。 安岐川は、国東市と杵築市の境付近に源を発し、国東市安岐地区の市街地を通って、大分空港の滑走路の南端付近で伊予灘に注ぐ。上流には1971年に竣工した安岐ダムがあり、中流には滝、瀬、淵などの変化に富んだ景観の鳴川渓谷がある。 毎年8月16日には、ラブリバーあき川遊びフェスティバルが開催される。釣り大会、イカダレース、鮎つかみどり大会などが行われ、地元の人々や帰省者でにぎわう。 主な支流としては、両子川、朝来野川がある。このうち両子川は、国東半島の最高峰両子山頂上付近の両子寺そばに源を発し、三浦梅園の生家付近を通って安岐川に合流する。 |
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| 5．朝見川 |
| 朝見川（あさみがわ）は、大分県別府市を流れ別府湾に注ぐ河川で、二級水系の本川である。 |
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| 6．阿蘇野川 |
| 阿蘇野川（あそのがわ）は、大分県由布市庄内町を流れる大分川水系の一級河川。 |
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| 7．跡田川 |
| 跡田川（あとだがわ）は、大分県中津市を流れる山国川水系の一級河川。山国川の支流では、山移川に次いで二番目の規模。琴川とも呼ばれる[1]。また、西谷川合流部より上流は東谷川と呼ばれる。 |
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| 8．有田川 (大分県) |
| 有田川（ありたがわ）は、筑後川水系花月川の支流で、大分県玖珠郡玖珠町及び日田市を流れる一級河川である。 |
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| 9．犬丸川 |
| 犬丸川（いぬまるがわ）は、大分県北部を流れる二級水系の本流。 |
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| 10．臼杵川 |
| 臼杵川（うすきがわ）は、大分県臼杵市を流れ、豊後水道の臼杵湾に注ぐ二級水系の本流。 |
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| 11．裏川 |
| 裏川（うらかわ）は、大分県大分市を流れる大分川水系の一級河川である。大分川の派川（分流）で、大分市岩田町で大分川から分かれ別府湾に注ぐ。 |
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| 12．大分川 |
| 大分川（おおいたがわ）は、大分県中部を流れる大分川水系の本流で、一級河川である。古くは堂尻川、寒川とも呼ばれた。 |
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| 13．大肥川 |
| 大肥川（おおひがわ）は、筑後川水系筑後川の支流で、福岡県朝倉郡東峰村及び大分県日田市を流れる一級河川である。 |
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| 14．大山川 |
| 大山川（おおやまがわ）は、一級河川筑後川本流の上流部のうち、玖珠川との合流点より上流で、津江川と杖立川の合流点より下流の部分の通称である。 |
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| 15．奥岳川 |
| 奥岳川（奥嶽川）（おくだけがわ）は、大分県豊後大野市を流れる大野川水系の一級河川。 祖母山系を水源とし、豊後大野市の緒方・清川・三重地区を流れて、旧石器時代の遺跡である岩戸遺跡付近で大野川に合流する。九州でも屈指の清流とされ知られる。最上流部には川上本谷、ウルシワ谷、三枚谷、上流部には川上渓谷、中流部には滞迫峡（たいざこきょう）などの渓谷が発達している。 1954年（昭和29年）までは、上流に三菱金属尾平鉱山があり、錫や銅などを産出していた。この影響で、昭和40年代前半までは鉱毒汚染が問題となったことがある。 清川町にある轟川との合流地点のすぐ上流側には、轟橋（とどろばし）と出會橋（であいばし）の2本の石造アーチ橋が隣り合って架かっている。轟橋は1934年（昭和9年）に、出會橋は1925年（大正14年）に架けられたもので、轟橋のアーチの径間は32.1m、出會橋は29.3mと、石造アーチ橋としては日本で第1位、第2位の径間を誇る。 |
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| 16．乙津川 |
| 乙津川（おとづがわ）は、大分県大分市東部の大津留で大野川から分派し、大野川の西側を並流して別府湾に注ぐ大野川水系の一級河川である。 |
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| 17．賀来川 |
| 賀来川（かくがわ）は、大分県由布市挾間町高崎・来鉢・三船地先から大分市賀来を流れる大分川水系支流の河川である。 |
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| 18．花月川 |
| 花月川（かげつがわ）は、筑後川水系の支流で、大分県日田市を流れる一級河川である。 「「水郷ひた」観光に寄与した花月川の川づくり（千年あかり）」が、平成21年度手づくり郷土賞受賞。平成27年度同賞大賞。 |
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| 19．花合野川 |
| 花合野川（かごのがわ）は、大分県由布市湯布院町湯平の中央部を流れる大分川水系支流の河川。川沿いの谷間には湯平温泉がある。 花合野川周辺はゲンジボタル鑑賞のスポットにもなっており、地元の人々や観光客に親しまれている[1]。 |
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| 20．堅田川 |
| 堅田川（かたたがわ）は、大分県佐伯市南部に源を発し、佐伯市大字池田付近で番匠川に合流する一級河川である。 大分県佐伯市南部、宮崎県境の枯樅山付近が水源。概ね北東に流れる。上流は黒沢川とも呼ばれる。黒沢ダムを経て、佐伯市立青山小学校付近で山口川を合流する。蛇行しながら北に流れ、佐伯市大字長良付近で大越川、木立川を合流し、佐伯市大字池田付近で番匠川に合流する。 |
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| 21．桂川 (大分県) |
| 桂川（かつらがわ）は、大分県杵築市から同県豊後高田市を流れ、周防灘に注ぐ二級水系の本流。流域延長29km. |
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| 22．求来里川 |
| 求来里川（くくりがわ）は、筑後川水系有田川の支流で、大分県日田市を流れる一級河川である。 |
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| 23．玖珠川 |
| 玖珠川（くすがわ）は、筑後川水系の支流で大分県玖珠郡九重町、玖珠町および日田市を流れる一級河川。 |
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| 24．吾々路川 |
| 吾々路川（ごごろがわ）は、筑後川水系の二次支流で、大分県日田市を流れる一級河川である。 |
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| 25．境川 (別府市) |
| 境川（さかいがわ）は、大分県別府市を流れ別府湾に注ぐ河川で、二級水系の本川である。 |
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| 26．境川 (竹田市) |
| 境川（さかいがわ）は、大分県竹田市内を流れ同市街地にある大野川に注ぐ河川。 久住山（標高1,798m）に水源を発し、久住高原や同市直入を流れる。 |
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| 27．住吉川 (大分県) |
| 住吉川（すみよしがわ）は、大分県大分市の中心を流れる二級水系住吉川水系の本流である。毘沙門川（びしゃもんがわ）とも呼ばれる。 |
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| 28．芹川 |
| 芹川（せりかわ）は、大分県佐伯市蒲江大字丸市尾浦を流れ名護屋湾に注ぐ河川。二級水系の本流。 大分県佐伯市南部の延岡市との境界に位置する場照山（ばてりやま）に源を発し南流。滝内渓谷（たきうちけいこく）を形成し、佐伯市立名護屋小学校の脇を流れ、名護屋湾に注ぐ[2]。 同河川を生かした「芹川河川プール」が、平成２年度手づくり郷土賞（生活を支える自然の水）受賞。 |
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| 29．芹川 (竹田市) |
| 芹川（せりかわ）は、大分県西部から中部を流れる大分川水系の一級河川。大分川の支流である。 |
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| 30．竹田川 (大分県) |
| 竹田川（たけたがわ）は、大分県豊後高田市香々地を流れ、周防灘に注ぐ二級水系の本流。 |
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| 31．中津川 (大分県) |
| 中津川（なかつがわ）は、大分県中津市で山国川と分かれ周防灘に注ぐ、一級水系山国川水系の派川である。 |
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| 32．流川 (大分県) |
| 流川（ながれかわ）は、大分県別府市を流れる河川、または別府温泉中心部の繁華街。 別府湾に注ぐ川沿いには古くから温泉が至る所に湧き出し、鎌倉時代には大友氏によって湯治場として整備されていた。その温泉の一つ楠温泉には、元寇の役の戦傷者が保養に来た記録が残っており、別府の湯として江戸時代後期の温泉番付にも登場する温泉街が形成された。 1871年（明治4年）、河口に別府温泉の発展に重要な役割を担った旧別府港が建設されると、周辺の開発が進んだ。大正時代に現在の流川通り（大分県道52号別府庄内線）が出来た際にはほとんどが暗渠化され、また、別府地獄めぐり遊覧バスの廻る地獄循環道路の起点として、バスガイドの観光案内でも「ここは名高き流川、情けの厚い湯の町を、真直ぐに通る大通り、旅館商店軒並び、夜は不夜城でございます」と例えられるほどの別府最大の繁華街として大いに賑わいを見せるようになった。 |
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| 33．七瀬川 (大分県) |
| 七瀬川（ななせがわ）は、大分県大分市南西部を流れる大分川水系の一級河川である。 |
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| 34．白山川 |
| 白山川（はくさんがわ）は、大分県南部の豊後大野市を流れる大野川水系の河川である中津無礼川と奥畑川の総称である。名水百選に選定されている。 傾山系の大白谷を源流とする清流で、ゲンジボタルの名所として知られている。 日本最大の水中鍾乳洞として知られる稲積水中鍾乳洞もこの川の源流のひとつであるが、上流約5kmの豊後大野市三重町白谷の河原に浸透する白山川の水が稲積山をつくる石灰岩層中に形成された洞窟地下水系を経て、本鍾乳洞に湧くものである。そのため、降雨の少ない季節には白山川の水はすべて白谷で消失し、下流はしばらくの距離、涸れ川となる。 また、地域では「白山川を守る会」を結成して河川浄化に取り組んでおり、有機リン酸系合成洗剤の使用禁止や農薬使用の軽減等の取り組みを行っている。 |
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| 35．春木川 (大分県) |
| 春木川（はるきがわ）は、大分県別府市を流れ別府湾に注ぐ河川で、二級水系の本川である。 |
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| 36．番匠川 |
| 番匠川（ばんじょうがわ）は、大分県南部を流れる一級河川番匠川水系の本流。九州屈指の清流として知られる。 |
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| 37．判田川 |
| 判田川（はんだがわ）は、大分県大分市南部を流れる大野川水系の一級河川。 |
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| 38．平田川 (大分県) |
| 平田川（ひらたがわ）は、大分県別府市を流れる川である。他にも、滋賀県彦根市などにも同名の川がある |
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| 39．三隈川 |
| 三隈川（みくまがわ）は、一級河川筑後川本流の上流部のうち、大分県日田市内の玖珠川との合流点より下流で、夜明地区周辺（主に大肥橋）より上流の区間の呼び名[1]。なお、筑後川本流のうち、三隈川より上流の区間は大山川と呼ばれる。 |
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| 40．八坂川 |
| 八坂川（やさかがわ）は、大分県杵築市を流れ、伊予灘の守江湾に注ぐ二級水系の本流。 |
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| 41．駅館川 |
| 駅館川（やっかんがわ）は、大分県宇佐市を流れ、周防灘に注ぐ二級水系駅館川水系の本流である。 由布岳や日出生台などに水源を発する支流を集めた津房川及び恵良川が、宇佐市院内町小坂の宇佐別府道路院内インターチェンジ付近で合流して駅館川となり、宇佐市を南から北に縦貫して周防灘に注ぐ。河口付近には沖積平野である宇佐平野を形成する。 駅館川水系は眼鏡橋が多いことで知られており、また、支流には東椎屋の滝、西椎屋の滝等の名瀑がある。 天保12年（1841年）に完成した『太宰管内志』には、「宇佐の駅宿址は宇佐川の傍らにあり故に駅館川といふなり」と記されており、宇佐八幡宮に向かう宇佐使いが休んだ古代の駅家が近くにあったことが駅館川の名の由来であるとしている[3]。また、鎌倉時代以前には、宇沙川、菟狭川とも称した[4]。 |
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| 42．山移川 |
| 山移川（やまうつりがわ）は、大分県中津市・玖珠郡玖珠町を流れる山国川水系の一級河川。山国川最大の支流（流域面積基準）。下流部は本流とともに本耶馬渓の一部を形成し、上流部には深耶馬渓が広がる。 |
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| 43．吉野川 (大分県) |
| 吉野川（よしのがわ）は、大野川水系の支流で大分県大分市を流れる河川。 大分県大分市大字吉野原の北部に源を発し南流。大分市大字上戸次で大野川に合流する。吉野川全域が大分県ホタル連絡協議会によって大分県ホタルの里58選に認定されている。 |
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| 44．寄藻川 |
| 寄藻川（よりもがわ）は、大分県宇佐市を流れ、宇佐市と豊後高田市の市境で周防灘に注ぐ二級水系の本流。 |
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