| 1．川内川 |
| 川内川（せんだいがわ）は、熊本県最南部、宮崎県南西部および鹿児島県北西部を流れ東シナ海に注ぐ川内川水系の本流で、一級河川である。 九州では筑後川に次ぎ第二の規模を誇る河川で、最上流部は熊本県、上流部は宮崎県に属する。 |
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| 2．綾北川 |
| 綾北川（あやきたがわ）は、熊本県球磨郡多良木町、宮崎県小林市、東諸県郡綾町・国富町を流れ本庄川（綾南川)に注ぐ一級河川の第2次支流である。綾町一帯は綾南川と併せ1985年（昭和60年）綾川湧水群として名水百選のひとつに選定されている[1]。また、上流及び綾南川合流点周辺は九州中央山地国定公園の区域にも指定されており、両河の間には水源の森百選 - 綾の照葉樹林[2]「21世紀に残したい日本の自然百選」- 綾渓谷の照葉樹林[3]、森林浴の森百選 - 九州中央山地国定公園綾地区[4]にも選定されている。 |
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| 3．石並川 |
| 石並川（いしなみがわ）は、宮崎県日向市を流れる二級水系石並川本流である[1] 。 |
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| 4．五十鈴川 (宮崎県) |
| 五十鈴川（いすずがわ）は、宮崎県美郷町・門川町を流れる二級水系五十鈴川水系の二級河川。 三重県伊勢市の伊勢神宮を流れる五十鈴川と同名である。 |
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| 5．岩熊井堰 |
| 岩熊井堰（いわぐま いぜき）は、江戸時代中期に宮崎県延岡市五ヶ瀬川の川水を農業用水の灌漑として引くために、延岡市下三輪町に設けられた井堰とその下流域に設けられた用水路である[1]。 |
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| 6．大淀川 |
| 大淀川（おおよどがわ）は、宮崎県・鹿児島県内を流れ太平洋（日向灘・フィリピン海）に注ぐ大淀川水系の本流であり宮崎県を代表する河川である。 |
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| 7．小丸川 |
| 小丸川（おまるがわ）は、宮崎県中部を流れ太平洋に注ぐ小丸川水系の本流で、一級河川である。 |
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| 8．北川 (五ヶ瀬川水系) |
| 北川（きたがわ）は、大分県佐伯市及び宮崎県延岡市を流れる五ヶ瀬川水系最大の支流である。 |
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| 9．清武川 |
| 清武川（きよたけがわ）は、宮崎県宮崎市内を流れる二級河川。 |
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| 10．五ヶ瀬川 |
| 五ヶ瀬川（ごかせがわ）は、宮崎県北部（一部熊本県阿蘇地方）を流れる五ヶ瀬川水系の本流で、延岡市から日向灘に注ぐ一級河川である。 300年の伝統を誇る延岡市流域一帯の鮎梁は秋の風物詩として有名であり、河原の簗場で鮎を焼く香ばしい香りは、環境省の「日本のかおり風景100選」にも選定されている。上流域の宮崎県高千穂町は、日本神話の天孫降臨の舞台として知られている。大正末期から昭和初期にかけて五ヶ瀬川と大瀬川に畳堤が計２キロ分が作られた。このうち現存する五ヶ瀬川の両岸に残る約980m分が、2015年（平成27年）に土木学会選奨の土木遺産に認定されている[1][2][3][4]。2016年には「ふるさとへの熱い思いが奇跡の堤防を産んだ」で、平成28年度手づくり郷土賞受賞[5]。 |
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| 11．小松川 (宮崎県) |
| 小松川（こまつがわ）は、宮崎県宮崎市の市街地を流れる大淀川水系の一級河川である。 宮崎市の平和台公園付近に源を発し南へ流れ、宮崎市松橋1丁目で大淀川左岸に合流する。 |
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| 12．酒谷川 |
| 酒谷川（さかたにがわ）は、宮崎県南部を流れる広渡川水系の河川である。 ハゼの稚魚を網にかける伝統漁「ノボリコ漁」が行われている[1]。 |
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| 13．一ツ瀬川 |
| 一ツ瀬川（ひとつせがわ）は、宮崎県中部を流れる一ツ瀬川水系の本流で、二級河川。 上流域の西米良村は、平家の落武者が隠棲したといわれる隠れ里「米良荘」が有名。河口域にある日向大橋下河川敷では、8月下旬に花火大会（サマーフェスティバル in 一ツ瀬）が催される。 |
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| 14．広渡川 |
| 広渡川（ひろとがわ）は、宮崎県南部を流れる二級河川。 |
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| 15．福島川 (宮崎県) |
| 福島川（ふくしまがわ）は、宮崎県南部の主に串間市を流れる二級水系の本流。 |
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| 16．堀川運河 (宮崎県) |
| 堀川運河（ほりかわうんが）は、宮崎県日南市の広渡川と油津港とを結ぶ全長984m、幅約30mの運河。江戸時代初期に木材を運搬するために開削された。 江戸時代初期、日本国内の政局が安定し建物の建築が盛んとなり木材の需要が高まる中、伊東氏飫肥藩は良質な杉材である飫肥杉を日本各地に供給していた。領内の山中で伐採された木材は広渡川を下って河口まで運搬され、河口から集散地である油津港までは大節鼻と呼ばれる岬を迂回し約5kmの距離を海上輸送しなければならなかった。また、油津港はしばしば台風に襲われるが、船を避難させる場所が少なく船数を増やすことが困難であった。 このような状況を改善するために当時の飫肥藩主伊東祐実が運河の掘削を命じ、1684年1月21日（天和3年12月5日）に着工した。地盤の固い場所もあり難工事であったが、1686年4月17日（貞享3年3月25日）に完成し、木材輸送路や船の避難場所として利用された。1903年（明治36年）に石造アーチ橋の堀川橋（国登録有形文化財登録）が架けられた。 |
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| 17．本庄川 |
| 本庄川（ほんじょうがわ）は、宮崎県の小林市、東諸県郡綾町・国富町、宮崎市を流れ大淀川に注ぐ一級河川である。綾北川と合流する国富町からの上流域では綾南川とも呼ばれ、上流及び綾北川合流点周辺は九州中央山地国定公園の区域であり、名水百選、水源の森百選 - 綾の照葉樹林、「21世紀に残したい日本の自然百選」- 綾渓谷の照葉樹林[1]、森林浴の森百選 - 九州中央山地国定公園綾地区[2]にも選定されている。また、照葉樹林都市・綾として水の郷百選[3]に選定されている綾町を形成する川である。 「本庄川河川プール」が、昭和61年度手づくり郷土賞（ふれあいの水辺）受賞[4]。 |
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| 18．耳川 |
| 耳川（みみかわ）は、宮崎県東臼杵郡および日向市を流れる二級水系の本流。 耳川の戦いの古戦場で有名であるが、主戦場は南を流れる高城川（現在の小丸川）で、耳川は追撃戦が行われた場所である。 |
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