| 1．熊本市 |
| 熊本市（日语：熊本市／くまもとし Kumamoto shi */?）位於日本九州中部，為九州第三大城市，是熊本縣的縣廳所在地，也是縣內的最大城市，人口73萬餘。市內街道整齊，樓廈林立，富有現代感，日本三名城之一的熊本城正位於此。其半導體產業發達，有「日本的矽谷」之稱。
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| 2．八代市 |
| 八代市（日语：八代市／やつしろし Yatsushiro shi */?）為日本熊本縣南部的主要城市，也是熊本縣內人口第二多的城市，過去曾經是疊蓆的原料藺草的主要產地。
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| 3．人吉市 |
| 人吉市（日语：人吉市／ひとよしし Hitoyoshi shi */?）是位於日本熊本縣南部的城市，地處九州山地內的人吉盆地。主要產業包括觀光業、農業、釀酒業。
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| 4．荒尾市 |
| 荒尾市（日语：荒尾市／あらおし Arao shi */?）為位於日本熊本縣北部的城市。北部與福岡縣大牟田市相鄰，屬於大牟田都市圈，市區也與大牟田市的市區接連在一起，也因此有與大牟田市進行跨縣合併的提案。
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| 5．水俁市 |
| 水俁市（日语：水俣市／みなまたし Minamata shi */?）為熊本縣最南端的城市。過去以日本四大公害病之一的水俁病的發生地而聞名，目前環境已有很大改善，同時也是一座溫泉都市。
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| 6．玉名市 |
| 玉名市（日语：玉名市／たまなし Tamana shi */?）是一個位於日本熊本縣北部的城市。在2005年10月3日由舊玉名市與相鄰的岱明町、橫島町、天水町合併而成。
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| 7．山鹿市 |
| 山鹿市（日语：山鹿市／やまがし Yamaga shi */?）是日本熊本縣北部的一個城市。以山鹿燈籠祭聞名。轄區北部和東北部位於九州山地中，並與福岡縣和大分縣相接，主要市區位於南部的平原。
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| 8．菊池市 |
| 菊池市（日语：菊池市／きくちし Kikuchi shi */?）是位于日本熊本縣北部的城市。於2005年3月22日由舊菊池市與菊池郡七城町、泗水町、旭志村合併而成。所出產的菊池米具有一定的知名度。
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| 9．宇土市 |
| 宇土市（日语：宇土市／うとし Uto shi */?）是位于日本熊本縣中部宇土半島北側的一個城市，西北側臨有明海，其中御輿來海岸被列為日本海岸百選之一。
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| 10．上天草市 |
| 上天草市（日语：上天草市／かみあまくさし Kamiamakusa shi */?）為日本熊本縣天草群島東部的一個城市，位於聯繫有明海與八代海的通道上，也是天草群島前往九州的樞紐；主要島嶼包括大矢野島、上島（部份）、樋島、維和島。
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| 11．宇城市 |
| 宇城市（日语：宇城市／うきし Uki shi */?）是位于日本熊本縣中部宇土半島西側、南側及內陸部分的城市，於2005年1月15日由宇土郡三角町、不知火町及下益城郡松橋町、小川町、豐野町合併而成。
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| 12．阿蘇市 |
| 阿蘇市（日语：阿蘇市／あそし Aso shi */?）為位於日本熊本縣東北部阿蘇地區中央的城市，市區位於阿蘇火山所形成的破火山口盆地的北部。於2005年2月11日由阿蘇郡的阿蘇町、一之宮町、波野村合併而成。
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| 13．天草市 |
| 天草市（日语：天草市／あまくさし Amakusa shi */?）為位於日本熊本縣天草群島的一個城市，為熊本縣內人口數僅次于熊本市和八代市的人口第三多城市。於2006年3月27日由本渡市、牛深市和天草郡有明町、御所浦町、倉岳町、栖本町、新和町、五和町、天草町及河浦町合併而成。
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| 14．合志市 |
| 合志市（日语：合志市／こうしし Kōshi shi */?）是位于日本熊本縣北部的城市，於2006年2月27日由菊池郡合志町與西合志町合併而成。
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| 15．美里町 (熊本縣) |
| 美里町（日语：美里町／みさとまち Misato machi */?）是位于日本熊本縣中部的一個城鎮，屬下益城郡。
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| 16．玉東町 |
| 玉東町（日语：玉東町／ぎょくとうまち Gyokutō machi */?）是位于日本熊本縣北部的一個城鎮。
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| 17．南關町 |
| 南關町（日语：南関町／なんかんまち Nankan machi */?）是位于日本熊本縣西北部的一個城鎮。
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| 18．長洲町 |
| 長洲町（日语：長洲町／ながすまち Nagasu machi */?）是位于日本熊本縣西北部靠有明海的一個城鎮，屬玉名郡。
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| 19．和水町 |
| 和水町（日语：和水町／なごみまち Nagomi machi */?）是位于日本熊本縣西北部，屬玉名郡的一個城鎮。於2006年3月1日由舊菊水町與三加和町合并而成。
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| 20．大津町 |
| 大津町（日语：大津町／おおづまち Ōzu machi */?）是位于日本熊本縣中北部，屬菊池郡的一個町。
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| 21．菊陽町 |
| 菊陽町（日语：菊陽町／きくようまち Kikuyō machi */?）是位于日本熊本縣中部的行政區劃，其緊鄰於熊本市的東北側。
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| 22．南小國町 |
| 南小国町（日语：南小国町／みなみおぐにまち Minamioguni machi */?）是位于日本熊本縣東北部，阿蘇外輪山北側高原地區，屬阿蘇郡的一個城鎮。為日本最美麗的村莊聯盟成員之一。
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| 23．小國町 (熊本縣) |
| 小国町（日语：小国町／おぐにまち Oguni machi */?）是位于日本熊本縣東北部，阿蘇外輪山外側的一個城鎮，屬阿蘇郡。；轄區內有74%地區為林地 。[1]
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| 24．產山村 |
| 產山村（日语：産山村／うぶやまむら Ubuyama mura */?）是位于日本熊本縣東北部九重連山地區的一個村，屬阿蘇郡。 部分轄區屬於阿蘇九重國立公園的範圍。
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| 25．高森町 (熊本縣) |
| 高森町（日语：高森町／たかもりまち Takamori machi */?）是位於日本熊本縣阿蘇郡的一個町。轄區被阿蘇外輪山切割為東西二部分，人口主要集中於西側的阿蘇外輪山內部平原地區。
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| 26．西原村 |
| 西原村（日语：西原村／にしはらむら Nishihara mura */?）是位于日本熊本縣中部內陸地區屬阿蘇郡的一個村，位於阿蘇外輪山西側。
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| 27．南阿蘇村 |
| 南阿蘇村（日语：南阿蘇村／みなみあそむら Minamiaso mura */?）是位于日本熊本縣東北部阿蘇火山破火山口南部的一個村，屬阿蘇郡。
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| 28．御船町 |
| 御船町（日语：御船町／みふねまち Mifune machi */?）是位于日本熊本縣上益城郡的一個城鎮，于1955年1月1日由舊御船町、瀧水村、七瀧村、木倉村、高木村、豐秋列村合併而成。
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| 29．嘉島町 |
| 嘉島町（日语：嘉島町／かしままち Kashima machi */?）是位于日本熊本縣上益城郡的一個城鎮。
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| 30．益城町 |
| 益城町（日语：益城町／ましきまち Mashiki machi */?）是位于日本熊本縣中部上益城郡的一城鎮。轄區位於熊本市東側，轄區的東部及南部屬於九州山地的範圍。
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| 31．甲佐町 |
| 甲佐町（日语：甲佐町／こうさまち Kōsa machi */?）是位于日本熊本縣中央位置的一個城鎮，屬上益城郡。轄區西北部位於熊本平原，其他地區則屬於九州山地。
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| 32．山都町 |
| 山都町（日语：山都町／やまとちょう Yamato chō */?）是位于日本熊本縣東部山區的行政區劃，轄區位於阿蘇火山臼（日语：阿蘇カルデラ）南側外輪山之中，南側可接至九州山地，其位置也相當於整個九州島的正中心。[2]
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| 33．冰川町 |
| 冰川町（日语：氷川町／ひかわちょう Hikawa chō */?）是位于日本熊本縣中部的一町，屬八代郡。於2005年10月1日由龍北町與宮原町合併而成。
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| 34．蘆北町 |
| 芦北町（日语：芦北町／あしきたまち Ashikita machi [[:ja:芦北町|*]]/?）是位于日本熊本縣南部葦北郡的一個町。
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| 35．津奈木町 |
| 津奈木町（日语：津奈木町／つなぎまち Tsunagi machi */?）是位于日本熊本縣南部的一個城鎮，屬葦北郡。
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| 36．錦町 |
| 錦町（日语：錦町／にしきまち Nishiki machi */?）是位于日本熊本縣南部的一個行政區劃，屬球磨郡。
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| 37．多良木町 |
| 多良木町（日语：多良木町／たらぎまち Taragi machi */?）是位于日本熊本縣東南部人吉盆地的一個城鎮，屬球磨郡。
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| 38．湯前町 |
| 湯前町（日语：湯前町／ゆのまえまち Yunomae machi */?）是位于日本熊本縣東南部的一個城鎮，屬球磨郡。
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| 39．水上村 (日本) |
| 水上村（日语：水上村／みずかみむら Mizukami mura */?）是位于日本熊本縣東南部的一個村，屬球磨郡。
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| 40．相良村 |
| 相良村（日语：相良村／さがらむら Sagara mura */?）是位于日本熊本縣南方的一個村，於1956年9月1日由川村、四浦村合併而成。
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| 41．五木村 |
| 五木村（日语：五木村／いつきむら Itsuki mura */?）是位于熊本縣南部的一村，屬球磨郡。轄區位於九州山地之內，於1889年4月1日實施町村制時成立[1]。
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| 42．山江村 |
| 山江村（日语：山江村／やまえむら Yamae mura */?）是位于日本熊本縣南部的一個村，屬球磨郡。於1889年4月1日實施町村制時由山田村與萬江村合併而成。
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| 43．球磨村 |
| 球磨村（日语：球磨村／くまむら Kuma mura */?）是位于日本熊本縣南部的一個村，屬球磨郡。
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| 44．朝霧町 |
| 朝霧町（日语：あさぎり町／あさぎりちょう Asagiri chō */?）是位于日本熊本縣南部球磨郡的一個町。
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| 45．苓北町 |
| 苓北町（日语：苓北町／れいほくまち Reihoku machi */?）是位于日本熊本縣西部，天草群島西北部的一個町，屬天草郡。
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